Qu’est-ce que l’analyse de l’Exome? Types d’analyses génétiques
Le génome humain est formé par 20 000 gènes. Les gènes contiennent l’information pour pouvoir synthétiser toutes les protéines de notre organisme, qui sont chargées de réaliser les différentes fonctions biologiques. Cette information est localisée dans des régions qui se dénomment exons, et qui sont séparées par régions sans information, dénommées introns. L’ensemble des exons de notre génome est appelé EXOME.
Lorsqu’une modification de l’ADN qui est localisé dans ces exons se produit, ce changement peut provoquer une maladie chez l’individu et cela s’appelle une mutation. Pour cela, afin de réaliser un diagnostic correct d’une maladie d’origine génétique, il faut connaître la mutation qui l’origine. Jusqu’à il y a quelques années, dans la majorité des cas cela était très compliqué et couteux, tant en temps qu’en argent, puisque la technologie dont on disposait pour analyser des fragments d’ADN de petite taille un à un, était limitée, et par conséquent, l’analyses de certains gènes pouvait durer des mois et avoir un coût très élevé. Et cela se compliquait encore plus dans le cas de maladies pour lesquelles il pouvait exister des mutations sur différents gènes ou pour lesquelles on ne connaissait pas la cause génétique. Cependant, de nos jours, avec l’apparition de la technologie de séquençage massif (NGS), nous sommes capables d’analyser de très nombreux gènes ou régions qui nous intéressent tels que les exons, simultanément, et donc en très peu de temps et à un coût largement inférieur ; il est par conséquent beaucoup plus facile de trouver la mutation qui cause une maladie concrète.
Types d’Exomes
Il existe différentes formes grâce auxquelles on peut trouver une mutation génétique à travers l’analyse de l’exome :
- EXOME CLINIQUE DIRIGÉ : on examine les exons d’un ensemble de gènes connus et qui pourraient justifier les symptômes présentés par le patient. Ce type d’analyse est conseillée lorsque l’on suspecte une maladie pouvant être produite par différents gènes (Ex. : Ostéogénèses Imparfaite, Charcot-Marie-Tooth, Surdités).
- EXOME CLINIQUE COMPLET : on analyse les exons des gènes responsables de maladies (4 800 gènes approx.). Ce type d’étude est indiqué lorsqu’une maladie présente des symptômes non spécifiques et/ou lorsqu’il n’est pas possible de sélectionner un groupe concret de gènes (ex. : autisme, épilepsie, handicap intellectuel, malformations congénitales multiples).
Le séquençage de l’exome peut être utile dans :
- l’étude de gènes de grande dimension, difficilement abordable par los méthodes classiques
- les pathologies complexes avec de multiples gènes pouvant causer la maladie
- pour identifier les mutations dans les maladies qui ne sont pas bien étudiées (on ne connaît pas la cause génétique) ou maladies avec des symptômes non spécifiques
En plus des maladies, il existe certaines conditions pathologiques qui pourraient également tirer un bénéfice de ces études et beaucoup d’entre elles ont un lien avec la fertilité aussi bien chez la femme que chez l’homme, comme par exemple, l’échec ovarien précoce (FOP). Le FOP consiste en la rupture prématurée de la menstruation (avant 40 ans), et dans la majorité de cas, on n’en connaît pas la cause, mais grâce à cette nouvelle technologie de séquençage, il est possible d’identifier beaucoup de gènes candidats comme responsables possibles.
Avec ces analyses, nous obtenons une grande quantité de données qui doivent être comparées avec de multiples bases et publications scientifiques pour parvenir à un résultat. À de nombreuses occasions, il faut plus d’un membre de la famille atteint (ex. père et mère) ou plus d’individus avec la même maladie pour réussir à identifier la mutation responsable de la maladie. Par conséquent, l’analyse de l’EXOME est une étude complète qui requiert un laboratoire et une équipe spécialisée.
À l’Instituto Bernabeu, nous disposons de cette technologie de séquençage massive et une équipe avec beaucoup d’expérience en séquençage et analyse de données pour pouvoir offrir à nos patients un correct diagnostic génétique de la majorité de maladies.
Dr. Ruth Morales, biologiste moléculaire de l’Instituto Bernabeu.